Křesťanský program ve škole je dobrovolný program pro žáky a studenty, kteří se ho chtějí účastnit. Je tvořen ekumenickými bohoslužbami školy, které se konají 4 x do roka, prací školního kaplana a volitelným programem výuky pro křesťanské studenty (výuka teologie a základů křesťanství). Gymnázium Heřmánek je akademické prostředí, kde je možné sdílet všechny názory svobodně. Počítáme s tím, že je možné sdílet i křesťanské vyznání, což je pro křesťanské děti na mnohých školách velmi problematické. Současně se snažíme o vyvážený přístup mezi konzervativním vztahem k historickému křesťanství a poznatky moderní vědy o vesmíru a biologii.